Профили
Профиль связывает личность в Git (имя и почту) с её токенами интеграций. Переключаете профиль — меняется и то, и другое разом: коммиты подписываются правильным автором, а вызовы API идут от нужного аккаунта.
Полезно, когда на одной машине живут и рабочие, и личные репозитории или когда у вас два аккаунта GitHub.

Привязка к репозиторию
Репозиторий можно привязать к профилю, чтобы фоновый фетч по нему всегда аутентифицировался нужным аккаунтом — даже пока вы смотрите на репозиторий, принадлежащий другому.
Токены живут в связке ключей ОС, а не в файле настроек.
См. также: Безопасность и секреты · Хостинг